Sim, todas as formas de pagamento devem confirmar, principalmente se você está recebendo avisos de fatura em atraso, alguns bancos demoram de 1 a 5 dias para confirmar principalmente pagamentos via boleto, sendo assim para evitar aborrecimentos é melhor confirmar.
Lembre-se pagamentos em atraso pague preferencialmente via depósito identificado ou transferência entre contas, caso prefira pagar com Mercado Pago ou PayPal não esqueça de mandar a confirmação, pagamentos em atraso não são confirmados automaticamente após a data de vencimento.
Em caso de dúvida, entre em contato com o suporte.
Atenciosamente,
Douglas Simões